امام در سال 1298 ه. ش. عازم حوزۀ علمیه اراک شد. اندکی پس از هجرت آیت اللّه العظمی حاج شیخ عبدالکریم حائری یزدی ـرحمة اللّه علیه ـ (نوروز 1301 هجری شمسی، مطابق با رجب المرجب 1340 هجری قمری) امام خمینی نیز رهسپار حوزه علمیه قم گردید و به سرعت مراحل تحصیلات تکمیلی علوم حوزوی را نزد اساتید حوزۀ قم طی کرد، که می توان از فراگرفتن تتمّه مباحث کتاب مطوّل (در علم معانی و بیان) نزد مرحوم آقا میرزا محمدعلی ادیب تهرانی و تکمیل دروس سطح نزد مرحوم آیت اللّه سید محمدتقی خوانساری، و بیشتر نزد مرحوم آیت اللّه سید علی یثربی کاشانی و دروس خارج فقه و اصول نزد زعیم حوزۀ قم آیت اللّه العظمی حاج شیخ عبدالکریم حائری یزدی ـرضوان اللّه علیهم ـ نام برد.
روح حساس و جستجوگر امام خمینی باعث می شد تا ایشان تنها به ادبیات عرب و دروس فقه و اصول بسنده نکند و به دیگر رشته های علمی نیز علاقه مندانه روی آورد. از این رو همزمان با فراگیری فقه و اصول نزد فقها و مجتهدینِ وقت به فراگیری ریاضیات و هیئت و فلسفه نزد مرحوم حاج سید ابوالحسن رفیعی قزوینی و ادامه همین دروس به اضافۀ علوم معنوی و عرفانی نزد مرحوم آقا میرزا علی اکبر حکمی یزدی و عروض و قوافی و فلسفه اسلامی و فلسفه غرب نزد مرحوم آقا شیخ محمدرضا مسجدشاهی اصفهانی و عالیترین سطوح عرفان نظری و عملی را به مدت شش سال نزد مرحوم آیت اللّه آقا میرزا محمدعلی شاه آبادی ـ اعلی اللّه مقاماتهم ـ بپردازد. امام خمینی با آیت اللّه حاج میرزا جواد ملکی تبریزی نیز مأنوس بود و از ایشان به نیکی یاد می کرد.
دوران تحصیل امام خمینی ره
حضرت امام از سنین کودکی و نوجوانی با بهره گیری از هوشی سرشار، قسمتی از معارف متداول روز و علوم مقدماتی و سطح حوزه های دینیه، از آن جمله ادبیات عرب، منطق و فقه و اصول را نزد معلمین و علمای منطقه (نظیر آقا میرزا محمود افتخارالعلما، مرحوم میرزا رضا نجفی خمینی، مرحوم آقا شیخ علی محمد بروجردی، مرحوم آقا شیخ محمد گلپایگانی و مرحوم آقا عباس اراکی و بیش از همه نزد برادر بزرگش آیت اللّه سید مرتضی پسندیده) فراگرفت.